Одељење за прописе, заступање и другостепени управни поступак обавља послове који се односе на заступање Фонда пред судовима и другим органима и спровођење поступка по ванредним правним средствима, решавање о правима из здравственог осигурања војних осигураника у другостепеном управном поступку, давање мишљења на уговоре из домена јавних набавки, заштиту права осигураника, друге послове у вези са делокругом рада.
Одељење се састоји од Групе за прописе и засупање и Групе за правне послове и другостепени управни поступак.
